第一是和精神分裂癥的鑒別。如果說患兒表現拒絕上學，但是理由是認為學校中不安全，感到有人罵他，有人嘲笑他，學校老師和同學對他不好，精神檢查以妄想的思維障礙為主要表現，認為對自己不好的對象逐步的泛化，那么就應該考慮是精神分裂癥的診斷。
第二就是兒童抑郁癥。患有抑郁癥的患兒可能會出現拒絕上學的一些表現，但是這一些患兒他具有情緒低落，容易激惹，興趣減退，自我評價低，精神運動性遲滯等一些臨床特征，并且可能會有一些消極觀念或者行為。而學校恐懼癥的患兒常常是以焦慮癥狀為主要表現，可以伴有一些抑郁癥狀，但是他主要是對學校產生強烈恐懼，如果說不上學在家表現是良好的。
第三個就是逃學。學校恐懼癥患兒常常伴有一個比較明顯的情緒障礙，一般來說學業上問題不大或者是品學兼優，自幼成長比較順利，家庭條件比較好，父母對患兒期望比較高，過度保護，患兒對父母過分依賴，往往和學業負擔過重、競爭激烈有關系，又得不到父母的關心反而常常被體罰，那么家族當中有一些神經癥的患者，逃學兒童一般沒有明顯的情緒表露，而且常有其他的違紀行為，并且往往學業上長期困難，有些確實是患有一些注意缺陷多動的一些兒童，常常會出現一些品行障礙，表現逃學的一些行為，那么這個可以做一個鑒別。
