新疆自治區中醫院是一所集醫療、教學、科研、預防保健為一體的綜合性中醫醫療機構。1956年4月，經自治區衛生廳批準，在新疆公費醫療門診部的基礎上成立了自治區中醫門診部；1959年7月1日正式掛牌成立新疆維吾爾自治區中醫醫院；1986年4月在保留新疆維吾爾自治區中醫醫院名稱的同時，又掛牌成為新疆中醫學院附屬醫院；1998年9月新疆醫科大學成立以后，更名為新疆醫科大學附屬中醫醫院。2001年11月，醫院與中醫研究所順利合并，經自治區編委批準掛有五塊牌子，即：新疆維吾爾自治區中醫醫院、新疆維吾爾自治區中醫藥研究院、新疆醫科大學附屬中醫醫院、新疆醫科大學第四臨床醫學院和新疆中醫名醫名方研究開發中心。醫院現有在職職工938人（不包括合同工、臨時工），行政管理人員29人，工人97人（含商業聯辦劃轉職工），專業技術人員812人，其中正高職稱專業技術人員48人，副高職稱專業技術人員115人，中級職稱專業技術人員304人。醫院現設有一個分院（開發區醫院）、三個門診部（黃河路門診部、大十字門診部、幸福路門診部）和一個戒毒康復中心。