醫院擁有31個臨床科室，規劃床位規模1500張，實際開放800張。其主要特色有：1、具有良好的國際化發展背景。醫院目前與十多個國家的三十多個國際頂尖醫療機構建立了姐妹合作關系，分別組建了8個國際聯合實驗室/中心/基地。2、總體疾病診治疑難度位于市級醫院前列。擁有6個國家重點學科、國家臨床重點專科和若干省部級重點實驗室、研究所。小兒心臟中心、血液腫瘤中心是全球最大的兒童診治中心，醫教研結構完善，代表國內該領域最高學科水平。近年來，醫院疾病診治疑難危重度指數（CMI）位列市級領先。3.醫療質量處于先進水平。2010年成為國內首家通過JCI國際醫院認證的兒童專科醫院；2018年問鼎上海市政府質量金獎。4、科技創新成果顯著。近年來，獲得國家自然科學基金數量位列全國兒童專科醫院榜首，入圍《自然》出版集團中國百強醫院，先后以第一單位（或第一合作單位）獲得國家科技進步獎8項（占全國兒童醫院獲獎總數一半以上）。5、積極主動承擔社會責任。率先在國內創立醫務社會工作部（1998年）；率先啟動西部、東北地區兒科醫護人員培訓計劃（2002年）；率先開展“一帶一路”援助計劃（2012年）；率先開展“無哭聲計劃”（2014年）……分別獲得多個榮譽獎項，并于2017年榮獲全國文明單位稱號。