甲舌囊腫全稱叫甲狀舌管囊腫,是前頸部中線最常見的良性腫物。按其部位可以分為舌骨下囊腫,約占65%;舌骨上囊腫,約占20%;舌骨水平囊腫,約占15%。舌骨上的甲狀舌管囊腫,可位于舌根部盲孔處或盲孔前的舌肌內或舌骨上。囊腫直徑數毫米至數厘米,多數直徑為2到3厘米,表面光滑,內壁被覆鱗狀上皮或假復層纖毛柱狀上皮或立方上皮,少數可被覆移行上皮。囊壁內淋巴細胞少,這是與位于頸側的鰓裂囊腫的區別。
有的囊腫由于合并感染,囊壁被覆上皮壞死消失而為肉芽組織代替。囊內容物很大程度上取決于被覆上皮的類型,一般為黏液或膠樣物,亦可以為水樣或者黃色漿糊狀物。合并感染者,囊內可含膿性和壞死物質,囊腫可穿破皮膚形成竇道或與舌根部相通。5%~62%的甲狀舌管囊腫壁內可以找到正常的甲狀腺組織。甲狀舌管囊腫偶爾可以發生癌,多數為乳頭狀癌。