目前來說,腦炎最大的危害就是在急性期病人迅速出現意識障礙,重癥患者會出現廣泛的腦部實質性壞死以及腦水腫,進而引起腦疝造成死亡。一些腦炎包括單純皰疹病毒性腦炎、真菌性腦炎。急性期的病死率較高,在沒有得到及時醫治的情況下,患者很快就會出現昏迷或去皮層狀態而造成死亡。
急性期得以存活的患者,之后因腦炎造成的損害可能會造成局部性或彌漫性腦功能障礙后遺癥。可表現為偏盲、肢體癱瘓、失語、眼肌麻痹、共濟失調、全身震顫、譫妄,嗜睡、智力低下等情況。一些病人因腦炎造成的后遺癥會出現全身性和部分性癲癇發作,并長期反復出現。