眼部組織,除了屈光間質所涉及到的組織,組織基本上都是透明或者有顏色的,只有角膜、房水、晶狀體、玻璃體,這些區光間質組織是完全透明沒有顏色的,其他組織都或多或少有顏色或者不透明,例如結膜組織是半透明的,鞏膜組織是白色不透明的,虹膜和脈絡膜組織是棕色不透明的,視網膜是半透明的膜狀結構。
眼部組織的透明度和顏色與功能是密切相關的,例如眼睛的鞏膜和脈絡膜,共同構成了像照相機的機身一樣的一個暗房,所以必須是不透明的,才能阻礙外界光線影響到眼睛,只讓通過角膜晶狀體,玻璃體的光線正常進入眼睛,折射了視網膜上,才能夠看到想要看的內容。