對于沒有癥狀的肝內膽管結石可以不用治療,做到定期觀察隨訪就可以了,臨床癥狀反復發作的應該手術治療,原則上要盡可能的取凈結石,解除膽道狹窄及梗阻,去除結石部位和感染病灶,恢復和建立通暢的膽汁引流,防止結石的復發。
膽管切開取石是最基本的方法,在直視下或者是通過膽道鏡取出結石直到取干凈,肝內膽管結石反復并發的感染可以引起局部干燥的萎縮、纖維化和功能的喪失,切除病變部分的肝還可以防止病變肝段肝葉的癌變,是治療肝內膽管結石的方法。
有些肝內膽管結石還可以做膽腸吻合手術,為了取凈結石,手術中可以采用膽道造影,超聲等檢查來確定結石的數量和部位,膽道鏡還可以行術中取石,也可以用碎石的器械進行術中的碎石治療。