在臨床上目前肛瘺的治療，還是以徹底的手術(shù)治療為主，無(wú)論是一些高位的還是低位，無(wú)論是簡(jiǎn)單還是復(fù)雜，肛瘺都是可以通過(guò)手術(shù)得到很好的解決的。
現(xiàn)在隨著肛瘺手術(shù)的增多，簡(jiǎn)單而低位的肛瘺已經(jīng)減少了許多，但是多了一些高位復(fù)雜性肛瘺的患者，而且往往被做過(guò)一兩次手術(shù)，這一類(lèi)的肛瘺一般被稱為比較難治性的肛瘺，它的難點(diǎn)一般是瘺道復(fù)雜不易探清，術(shù)后容易造成復(fù)發(fā)，手術(shù)也形成肛門(mén)括約肌，造成病人的肛門(mén)失禁，就算探到了瘺管也是無(wú)從下手，對(duì)于保護(hù)肛門(mén)括約肌選擇刀口位置至關(guān)重要。
實(shí)際上好的切口和切口的方向可以使瘺管清楚，變得方便而徹底，對(duì)一些細(xì)長(zhǎng)彎曲的瘺道，在徹底清創(chuàng)后采取生物蛋白膠封堵法進(jìn)行治療，取得十分令人滿意的效果，可以很好的保護(hù)肛門(mén)的括約肌，減輕患者的痛苦，縮短療程，減少費(fèi)用。
