森林腦炎在潛伏期一般為10~15天,最短兩天,長著可達35天,前驅期一般數小時至三天,部分患者和重型患者前驅期不明顯,前驅期主要表現為低熱、頭昏、乏力、全身不適、四肢酸痛,大多數患者為急性發病,呈急性進行經過,急進行病程一般為2~3周,發熱,一般起病2~3天發熱,達高峰,大多數患者持續5~10天然后階梯狀下降,經2~3天下降至正常,熱型多為持張熱,部分患者可出現肌瘤熱或不規則熱。
全身中毒癥狀:高熱時半頭痛、全身肌肉痛、無力、食欲缺乏、惡心、嘔吐等,并由于血管運動中樞的損害,患者還可出現面部、頸部潮紅,結膜充血,脈搏緩慢,部分重癥患者有心肌炎表現,常有心音低鈍,心率增快,心電圖檢查有t波改變,嚴重患者可以出現心功能不全、急性肺水腫等,意識障礙和精神損害,約半數以上患者有不同程度神志意識變化,如昏睡、表情淡漠、意識模糊、昏迷,亦可出現善忘和精神錯亂,腦膜受累的表現最常見的癥狀是劇烈頭痛。