睡眠相關性頭痛和快速眼動像睡眠相關,并且認為,這不僅僅是一種睡眠時候發生的頭痛,而是一種睡眠障礙,下丘腦起著睡眠啟動和維持的作用,藍斑核、背縫核,起著啟動和維持快速眼動像睡眠的作用。
頭痛可能和以上的部位在快速眼動像睡眠期功能障礙有關系,褪黑素水平的變化,也可能會導致夜間性的頭痛,偏頭痛可有睡眠,應激,應激后放松,外傷,天氣變化,食物飲食的習慣都可能會觸發,少量的飲酒,也可能會觸發多數的沖擊性的頭痛患者的頭痛發作。
睡眠期間,可以出現睡眠呼吸暫停和低氧血癥,可能是會觸發叢集性頭痛的一個主要原因,偏頭痛的一個局灶性的神經系統癥狀,就是大腦皮質缺血所導致的,這種類型的缺血是由小動脈和毛細血管收縮,導致皮質血流分流,血小板聚集,或者同時存在以上的兩種情況。
遺傳所致的單胺代謝紊亂,使患者容易出現頭痛,叢集性頭痛,常常有自主神經系統受累,雖然叢集性頭痛和慢性陣發性偏頭痛,伴隨的自主神經系統的癥狀比較類似,但并不完全相同,叢集性頭痛可同時出現以年為周期的節律性發作,或者呈現晝夜節律發作的特點。