滴蟲性陰道炎的治療主要包括以下幾個方面：
（1）全身用藥，初次治療可以選擇甲硝唑，兩克單次口服或者是替硝唑兩克單次口服，或者是甲硝唑四百毫克每日兩次，連服七天，甲硝唑在用藥期間及停藥2小時之內，七小時用藥期間或者是停藥72小時之內要禁止飲酒，哺乳期用藥不能再繼續哺乳。
（2）性伴侶的治療，滴蟲性陰道炎主要由性行為傳播，性伴侶應同時進行治療。
(3)隨訪以及治療失敗的處理，由于滴蟲性陰道炎的患者在感染率很高，可考慮對患有滴蟲陰道炎的性活躍的婦女，在最初感染三個月以后要重新進行篩查，對于甲硝唑兩克，單次口服治療失敗，而且要排除再次感染者，可以增加甲硝唑的療程和劑量，仍然有效。
（4）妊娠合并滴蟲性陰道炎的治療，可以導致胎膜早破，早產以及低出生體重兒，治療妊娠期的滴蟲性陰道炎，可以減輕明顯的癥狀，減少傳播，防止心衰，呼吸道和生殖道的感染。
使用甲硝唑時，最好要取得患者或者其家屬的同意。
（5）治療癥的注意事項，有復發癥狀的病例，大多數重復感染，為避免重復感染，內褲或者是洗過用過的毛巾，應該煮浮五到十分鐘，消除病原體，并應該對其性伴侶進行治療，因為滴蟲性陰道炎可合并其他性傳播疾病，應注意有無其他性傳播疾病。
