小兒克羅恩病在四歲以前很少見,多在青春期出現癥狀。該病的臨床表現呈多樣化,包括消化道表現、全身表現、腸外表現以及其并發癥。消化道癥狀以陣發性腹痛、腹瀉為主,可以有黏液和血便,可以伴有腹部的腫塊。
全身表現為體重減輕、食欲缺乏、營養不良,貧血、低蛋白血癥和生長發育遲緩等。并發癥常見是漏管、腹腔膿腫、腸狹窄和梗阻、肛周病變、消化道大出血和成人的克羅恩病。兒童克羅恩病往往先出現食欲缺乏、發熱、營養不良、貧血、體重不增或減輕、低蛋白血癥和發育遲緩等全身癥狀和腸外的癥狀,甚至可以比消化道癥狀早出現數月或數年,其程度和病變的部位、范圍、病程,與吸收障礙和丟失的程度有關。