它是僅次于心力衰竭的感染性心內膜炎常見的并發癥,發生率15%到35%,受損瓣膜上的贅生物被內皮細胞完全覆蓋六個月,所以栓塞可以在發熱開始后數天到數月內發生,早期出現栓塞的大多起病比較急,病情比較兇險,栓塞最常見的部位是腦,皮和冠狀動脈。
較大的皮栓塞可以突然發生左上腹或者是右肩部疼痛,少量左側胸腔積液和脾腫大,并有發熱和比脾區的摩擦音,皮栓塞會進展為皮膿腫,常是草綠色鏈球菌和金黃色葡萄球菌也可以見到腸球菌,革蘭氏陰性血氧菌以及真菌比較少見,本病痊愈之后一到兩年內仍有可能發生栓塞,不一定就是復發需要密切觀察。