腦干腦炎后遺癥多種多樣，嚴重影響患者的生活質量。常見的后遺癥包括神經功能缺損、運動障礙、認知障礙、言語及吞咽困難和情感障礙等。
1、神經功能缺損是腦干腦炎的常見后遺癥，由于炎癥損傷腦干神經，患者可能出現面癱、眼球運動障礙以及視物重影等癥狀。這些癥狀的發生與神經傳導受阻密切相關。
2、運動障礙也是腦干腦炎的重要后遺癥之一。患者可能表現為肢體無力、不自主運動，嚴重時甚至導致癱瘓。這主要是由于腦干內的運動神經核團受損所致。
3、認知障礙在腦干腦炎后遺癥中亦不容忽視?；颊呖赡艹霈F記憶力減退、注意力不集中、思維遲鈍等問題，影響日常生活和工作能力。這些認知障礙與腦干內與認知功能相關的神經結構受損有關。
4、言語及吞咽困難是腦干腦炎患者常見的后遺癥之一。由于腦干內有控制言語和吞咽的神經核團，受損后患者可能出現說話不清、吞咽困難等癥狀，嚴重影響交流和生活質量。
5、情感障礙在腦干腦炎后遺癥中亦占有一席之地?；颊呖赡艹霈F情緒波動、焦慮、抑郁等心理問題，這些情感障礙與腦干內與情感調節相關的神經遞質失衡有關。
針對這些后遺癥，醫生通常會采用藥物治療如抗抑郁藥（如舍曲林、氟西?。?、抗焦慮藥（如地西泮、阿普唑侖）以及神經營養藥（如甲鈷胺、維生素B族）等，以緩解癥狀并幫助患者恢復功能。
